Im Zuge des Reformationsprozesses im Nassauer Land wurde Neesbach (gemeinsam mit Nauheim) evangelisch. Als im Jahr 1571 der Erzbischof von Trier den Protestanten von Neesbach und Nauheim verbot, die Berger Kirche für ihre Gottesdienste zu nutzen, war Neesbach fortan auf seine kleine Kapelle mitten im Dorf angewiesen. Da Neesbach von der Pest im Jahr 1607 fast vollständig entvölkert und auch durch den 30-jährigen Krieg (1618-1648) erneut stark dezimiert wurde, reichte die kleine Kapelle den Neesbachern lange Zeit als „Kirche“ aus.

Erst Anfang des 18.Jahrhunderts (im Zeitalter des Barocks) wurde mit dem eigentlichen Bau der heutigen Kirche begonnen. Dabei wurde die Kapelle bis auf die Grundmauern abgerissen und die Steine der Kapelle für den Bau der neuen Kirche wiederverwendet. Teilweise steht die Neesbacher Kirche somit noch immer auf dem Fundament der ursprünglichen kleinen Kapelle. Die fehlenden Steine kamen vom Nauheimer Kopf. 1711 wurde die neue Neesbacher Kirche eingeweiht. Da sie ursprünglich dem hl. Johannes geweiht war, wurde aus der neuen Neesbacher Kirche die Johannes-Kirche. Die Kirche ist als Saalbau errichtet, mit 2 Emporen und einem Kirchturm (einem sog. Haubendachreiter). 

Einbau einer neuen Heizung.

Im Inneren der Kirche befinden sich Wandmalereien aus dem 18. Jahrhundert. Sie wurden erst bei Renovierungsbeginn im Jahr 1975 unter sieben Kalkschichten entdeckt und in den folgenden Jahren in aufwendigen und kostspieligen Restaurierungsarbeiten unter Aufsicht der Denkmalpflege freigelegt. Restaurator war zunächst Erwin Meffert aus Bad Camberg. Wegen zu hoher Kostenvorstellungen wurde dieser jedoch im August 1978 von Eberhard Gramberg aus Gersfeld abgelöst, der die Restaurierungsarbeiten im Jahr 1980 beendete. 

Im Rahmen der Restaurierung wurde bestätigt, dass die barocken Wandmalereien, die bemalten Säulen und Malereien auf der Emporenvertäfelung vom Nassauischen Hofmaler Johann-Richard Wächter gemalt wurden – seine Initialien „J.R.Wächter“ sind noch über der Eingangstür vorhanden – und aus dem Jahr 1740 stammen.

Die Herren im Blickfang der Kirche stellen die Evangelisten Matthäus, Markus, Lukas und Johannes als geflügelte Wesen mit den Attributen Mensch (Matthäus), Löwe (Markus), Stier (Lukas) und Adler(Johannes) dar. 

An der Seitenwand finden wir das Bild von Jesus mit Kreuz und Martin Luther mit Schwan. Die Decke zeigt eine Darstellung des Jüngsten Gerichts ähnlich dem der Merian-Bibel. Leider konnten im Zuge der Restaurierung die Abbildungen von Markus und Lukas nicht mehr vollständig hergestellt werden. Dies macht die Johannes-Kirche aber nicht weniger attraktiv.

Das Gebäude ist dem Vorbild der Nauheimer Kirche nachempfunden. 1789 wurden die beiden Glocken in den Kirchturm eingebaut. Eine der beiden Glocken ist immer noch vorhanden. Die zweite Glocke wurde im 2. Weltkrieg leider eingeschmolzen und erst im Jahr 1953 ersetzt (gegossen von Rincker in Herborn-Sinn).

Die Orgel wurde im Jahre 1825 in die Kirche eingebaut. Gefertigt ist die 8-Register-Orgel von Orgelbauer Daniel Raßmann (1790-1864) aus Möttau, einem der bedeutendsten Orgelbauer des 19. Jahrhunderts. Innerhalb von 39 Jahren baute Daniel Raßmann 41 Kirchenorgeln. Die Orgel inder Johannes-Kirche ist seine zweite, ein wahres Schätzchen und ebenso wie die Johannes-Kirche selbst denkmalgeschützt.